Niestety w momencie, w którym trafiamy na Rapture wraz z bohaterem gry, ten podwodny raj jest w stanie ruiny - zdewastowany, zapuszczony, pełny śladów brutalnej przemocy. Co się tu wydarzyło? To kolejna zagadka, którą trzeba będzie rozwiązać. Kilka jej elementów znamy jednak już teraz. Wkrótce po zasiedleniu Rapture jego mieszkańcy odkryli na dnie morza niezwykłe stworzenia - morskie ślimaki, które potrafią przetwarzać tkankę i w komórki macierzyste, a więc takie które są zdolne do potencjalnie nieograniczonej liczby podziałów {co oznacza, że są nieśmiertelne i samoodnawialne), a także do przekształcania się w inne typy komórek.

W rękach mieszkańców Rapture powinno być to odkrycie przełomowe - najwspanialsze mózgi ludzkości mogłyby przecież dzięki niemu znaleźć sposób na długowieczność, odrzyć lekarstwa na śmiertelne choroby. (wydawało się, że tak właśnie będzie, bo badania nad ślimakami doprowadziły do stworzenia substancji o nazwie Adam. która nic dość, że miała właściwości lecznicze, to jeszcze pozwalała zwiększać umiejętności - zarówno te fizyczne, jak i psychiczne - osób $ zażywających. Pokusa zdobycia nadludzkich mocy jednak okazała się zbyt wielka, nawet dla najwybitniejszych przedstawicieli gatunku ludzkiego. Biznesowy konkurent Andrew Ryana, człowiek o nazwisku Fontaine, postanowił przejąć kontrolę nad zasobami Adam. To doprowadziło do konfliktu, który ostatecznie zniszczył niemal całą podmorską kolonię. W momencie kiedy zaczyna się gra, żyje w niej tylko garstka ocala¬łych, którzy zresztą w niewielkim stopniu przypominają ludzi, jakimi byli kiedyś - teraz to zmutowane istoty walczące o drogocenną substancję bez jakichkolwiek skrupułów i oporów moralnych.