Dzięki zastosowaniu tak rozbudowanej sztucznej inteligencji świat gry jest nieprzewidywalny. Zespół Irrational Games Stara się unikać korzystania ze skryp¬tów wszędzie tam. gdzie jest to możliwe - a więc w większości przypadków. Takie podejście sprawia. że przeszkody, które należy pokonać w Bioshocku dzielą się na dwa rodzaje - Kon Levine nazywa je cyfrowymi i analogowymi. Te pierwsze to problemy, które mają jedno, konkretne rozwiązanie, np. czerwone drzwi otworzyć trzeba czerwoną kartą kodową. Te drugie to sytuacje, w których gracz może się zachować dowolnie, bazując na własnej pomysłowości i umiejętnościach posiadanych przez bohatera.
Te ostatnie zależą od dwóch parametrów - współczynników postaci, które można zwiększać korzystając z Adama oraz Plasmidów. modułów modyfikujących współczynniki lub dających zupełnie nowe umiejętności, np. moc telekinczy czy umiejętność włamywania się do systemów obronnych Rapture (łącznie będzie ich około 50 rodzajów). Co ciekawe, używane Ptasmidy można w niemal każdej chwili wymienić na inne - robi się to w specjalnych maszynach o nazwie PlasmiQuik. Podjęte raz decyzje o umiejętnościach bohatera nie muszą mieć więc konsekwencji aż do końca gry - tu decyduje się raczej, jakie zdolności będą przydatne do przejścia najbliższej sekwencji. Można będzie również modyfikować parametry broni